François Chung, Ph.D.

Tag: 2012

Inspiralia 2012 - Informe técnico

Inspiralia 2012 – Informe técnico

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Publicación

François Chung, Tomás Rodríguez; Automatic pollen grain and exine segmentation from microscope images; Inspiralia, Madrid, 2012.

Abstract

In this article, we propose an automatic method for the segmentation of pollen grains from microscope images, followed by the automatic segmentation of their exine. The objective of exine segmentation is to separate the pollen grain in two regions of interest: exine and inner part. A coarse-to-fine approach ensures a smooth and accurate segmentation of both structures. As a rough stage, grain segmentation is performed by a procedure involving clustering and morphological operations, while the exine is approximated by an iterative procedure consisting in consecutive cropping steps of the pollen grain. A snake-based segmentation is performed to refine the segmentation of both structures. Results have shown that our segmentation method is able to deal with different pollen types, as well as with different types of exine and inner part appearance. The proposed segmentation method aims to be generic and has been designed as one of the core steps of an automatic pollen classification framework.

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VPH 2012 - Acta de conferencia

VPH 2012 – Acta de conferencia

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Publicación

Yves Martelli, Tristan Whitmarsh, Ludovic Humbert, François Chung, Luis M. del Río Barquero, Silvana Di Gregorio, Luigi Carotenuto, Alejandro F. Frangi; A software framework for 3D reconstruction and fracture risk assessment of the proximal femur from dual-energy x-ray absorptiometry; VPH 2012: Virtual Physiological Human - Integrative approaches to computational biomedicine, London, 2012.

Abstract

In clinical routine, osteoporosis diagnosis is performed using the areal Bone Mineral Density (aBMD) computed from two-dimensional Dual-energy X-ray Absorptiometry (DXA) images. This measurement of the "projected density" gives a global marker of osteoporosis but is insufficient for an accurate quantification of non-uniform mineral deficiencies. Quantitative Computed Tomography (QCT) is one possible modality for retrieving shape and bone mineral density measurements in 3D, leading to a better characterization of the local bone quality and the fracture risk. However, due to high financial costs and a high radiation dose for the patient, this modality is rarely used in clinical routine for the follow-up of osteoporosis. In this work, we show how state-of-the-art techniques and methods for fracture risk assessment of the proximal femur using 3D analysis from single-view DXA images were brought to the research and clinical end-user, through the use of an existing open source framework for fast prototyping of clinical applications.

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Plataforma GIMIAS

Plataforma GIMIAS

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Proyecto UPF @Barcelona, España (2012). GIMIAS (Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation) es una plataforma de desarrollo cuyo objetivo es resolver cálculos relacionados con imágenes biomédicas y simulaciones personalizadas. Esta plataforma es extensible mediante plugins desarrollados para problemas específicos. Además, GIMIAS proporciona una plataforma para el desarrollo eficiente de prototipos para fines clínicos y de investigación.

GIMIAS está especialmente diseñado para integrar herramientas del tratamiento de imágenes médicas, de la modelización computacional, de los métodos numéricos y de la computación gráfica para proporcionar a los desarrolladores científicos y a los investigadores una plataforma de código abierto que les permite crear una amplia variedad de herramientas. El objetivo de GIMIAS es combinar herramientas de diferentes áreas de investigación y proporcionar así una plataforma de tipo workflow para la investigación multidisciplinaria, el estudio clínico y el desarrollo de productos comerciales.

Algunas de las principales características de GIMIAS incluyen:

  • el procesamiento de imágenes multimodales;
  • la creación de modelos personalizados;
  • la simulación numérica;
  • la visualización de los resultados de simulación.

Como Ingeniero de Software Científico dentro del equipo GIMIAS, mi trabajo consiste en desarrollar, optimizar, probar e instalar soluciones de software para aplicaciones ortopédicas. Más precisamente, soy responsable del desarrollo de software para el proyecto MySpine, financiado por el programa FP7 de la UE, y para los proyectos 3D-FemOs y VERTEX, financiados por Cataluña y el programa ACC1Ó. MySpine tiene como objetivo crear una herramienta clínica de predicción para proporcionar a los médicos el análisis biomecánico personalizado de sus pacientes. Respeto a los proyectos 3D-FemOs y VERTEX, tienen como objetivo mejorar tanto el diagnóstico de la osteoporosis como la prevención de las fracturas de cadera (3D-FemOs) y de vértebras (VERTEX).

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GIMIAS – Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation
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Mines 2012 - Artículo de revista especializada

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Publicación

François Chung; De l'imagerie médicale à la médecine du futur; Mines Revue des Ingénieurs, 458, pp. 53-56, 2012.

Abstract

Depuis ses débuts, l'imagerie médicale a pour objectif de fournir aux radiologues des images médicales afin de les aider dans leur diagnostic. Avec l'avancée des techniques d'acquisition, les radiologues se retrouvent à analyser des images de plus en plus complexes et dans des quantités de plus en plus importantes. Du côté de la recherche, cela se traduit par une collaboration entre physique médicale, radiologie et imagerie médicale. Les physiciens ont pour objectif d'améliorer la qualité et la résolution des images médicales. Ces améliorations permettent d'aider les radiologues dans leur diagnostic et à la communauté de l'imagerie médicale de pouvoir extraire des informations plus précises. Cette collaboration permet non seulement d'avancer dans les sciences médicales (ex. étude de l'anatomie et physiologie), mais également dans les applications cliniques (ex. détection de maladies et planification de thérapie).

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L'Ing. 2012 - Artículo de revista especializada

L’Ing. 2012 – Artículo de revista especializada

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Publicación

François Chung; L'imagerie médicale: Un domaine d'ingénieurie et de recherche au service de la société; L'Ing., 17, pp. 10-12, 2012.

Abstract

Depuis ses débuts, l'imagerie médicale a pour objectif de fournir aux radiologues des images médicales afin de les aider dans leur diagnostic. Avec l'avancée des techniques d'acquisition, les radiologues se retrouvent à analyser des images de plus en plus complexes et dans des quantités de plus en plus importantes. Du côté de la recherche, cela se traduit par une collaboration entre physique médicale, radiologie et imagerie médicale. Les physiciens ont pour objectif d'améliorer la qualité et la résolution des images médicales. Ces améliorations permettent d'aider les radiologues dans leur diagnostic et à la communauté de l'imagerie médicale de pouvoir extraire des informations plus précises. Cette collaboration permet non seulement d'avancer dans les sciences médicales (ex. étude de l'anatomie et physiologie), mais également dans les applications cliniques (ex. détection de maladies et planification de thérapie).

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