François Chung, Ph.D.

Tag: 2012

Inspiralia 2012 - Rapport technique

Inspiralia 2012 – Rapport technique

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Publication

François Chung, Tomás Rodríguez; Automatic pollen grain and exine segmentation from microscope images; Inspiralia, Madrid, 2012.

Abstract

In this article, we propose an automatic method for the segmentation of pollen grains from microscope images, followed by the automatic segmentation of their exine. The objective of exine segmentation is to separate the pollen grain in two regions of interest: exine and inner part. A coarse-to-fine approach ensures a smooth and accurate segmentation of both structures. As a rough stage, grain segmentation is performed by a procedure involving clustering and morphological operations, while the exine is approximated by an iterative procedure consisting in consecutive cropping steps of the pollen grain. A snake-based segmentation is performed to refine the segmentation of both structures. Results have shown that our segmentation method is able to deal with different pollen types, as well as with different types of exine and inner part appearance. The proposed segmentation method aims to be generic and has been designed as one of the core steps of an automatic pollen classification framework.

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Inspiralia

VPH 2012 - Acte de conférence

VPH 2012 – Acte de conférence

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Publication

Yves Martelli, Tristan Whitmarsh, Ludovic Humbert, François Chung, Luis M. del Río Barquero, Silvana Di Gregorio, Luigi Carotenuto, Alejandro F. Frangi; A software framework for 3D reconstruction and fracture risk assessment of the proximal femur from dual-energy x-ray absorptiometry; VPH 2012: Virtual Physiological Human - Integrative approaches to computational biomedicine, London, 2012.

Abstract

In clinical routine, osteoporosis diagnosis is performed using the areal Bone Mineral Density (aBMD) computed from two-dimensional Dual-energy X-ray Absorptiometry (DXA) images. This measurement of the "projected density" gives a global marker of osteoporosis but is insufficient for an accurate quantification of non-uniform mineral deficiencies. Quantitative Computed Tomography (QCT) is one possible modality for retrieving shape and bone mineral density measurements in 3D, leading to a better characterization of the local bone quality and the fracture risk. However, due to high financial costs and a high radiation dose for the patient, this modality is rarely used in clinical routine for the follow-up of osteoporosis. In this work, we show how state-of-the-art techniques and methods for fracture risk assessment of the proximal femur using 3D analysis from single-view DXA images were brought to the research and clinical end-user, through the use of an existing open source framework for fast prototyping of clinical applications.

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Plate-forme GIMIAS (projet UPF)

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VPH – Virtual Physiological Human

Plate-forme GIMIAS

Plate-forme GIMIAS

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Projet UPF @Barcelone, Espagne (2012). GIMIAS (Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation) est une plate-forme logicielle dont le but est de résoudre des calculs liés aux images biomédicales et aux simulations personnalisées. Cette plate-forme est extensible grâce à des plugins développés pour des problèmes spécifiques. En outre, GIMIAS fournit un environnement open source pour le développement de prototypes à des fins cliniques et de recherche.

GIMIAS est particulièrement adapté pour intégrer des outils provenant de l'imagerie médicale, de la modélisation informatique, des méthodes numériques et de l'infographie afin de fournir aux développeurs scientifiques et aux chercheurs une plate-forme logicielle de type workflow leur permettant de développer une grande variété d'outils. L'objectif de GIMIAS est de combiner des outils provenant de différents domaines de recherche et fournir ainsi une plate-forme pour la recherche multi-disciplinaire, l'étude clinique et le développement de produits commerciaux.

Quelques-unes des principales caractéristiques de GIMIAS sont:

  • le traitement d'images multi-modales;
  • la création de modèles personnalisés;
  • la simulation numérique;
  • la visualisation de résultats de simulation.

En tant qu'Ingénieur Logiciel Scientifique au sein de l'équipe GIMIAS, mon travail consiste à développer, optimiser, tester et installer des solutions logicielles pour des applications orthopédiques. Plus précisément, je suis en charge du développement logiciel pour le projet européen MySpine, financé par le programme FP7 de l'UE, et pour les projets 3D-FemOs et VERTEX, financés par la Catalogne et le programme ACC1Ó. MySpine a pour objectif de créer un outil clinique de prédiction afin de fournir aux cliniciens une analyse biomécanique personnalisée de leurs patients. Quant aux projets 3D-FemOs et VERTEX, ils ont pour objectif d'améliorer à la fois le diagnostic de l'ostéoporose et la prévention des fractures de la hanche (3D-FemOs) et des vertèbres (VERTEX).

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VPH 2012 (acte de conférence)

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GIMIAS – Graphical Interface for Medical Image Analysis and Simulation
MySpine

Mines 2012 - Article de magazine

Mines 2012 – Article de magazine

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Publication

François Chung; De l'imagerie médicale à la médecine du futur; Mines Revue des Ingénieurs, 458, pp. 53-56, 2012.

Abstract

Depuis ses débuts, l'imagerie médicale a pour objectif de fournir aux radiologues des images médicales afin de les aider dans leur diagnostic. Avec l'avancée des techniques d'acquisition, les radiologues se retrouvent à analyser des images de plus en plus complexes et dans des quantités de plus en plus importantes. Du côté de la recherche, cela se traduit par une collaboration entre physique médicale, radiologie et imagerie médicale. Les physiciens ont pour objectif d'améliorer la qualité et la résolution des images médicales. Ces améliorations permettent d'aider les radiologues dans leur diagnostic et à la communauté de l'imagerie médicale de pouvoir extraire des informations plus précises. Cette collaboration permet non seulement d'avancer dans les sciences médicales (ex. étude de l'anatomie et physiologie), mais également dans les applications cliniques (ex. détection de maladies et planification de thérapie).

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Publication

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L'Ing. 2012 - Article de magazine

L’Ing. 2012 – Article de magazine

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Publication

François Chung; L'imagerie médicale: Un domaine d'ingénieurie et de recherche au service de la société; L'Ing., 17, pp. 10-12, 2012.

Abstract

Depuis ses débuts, l'imagerie médicale a pour objectif de fournir aux radiologues des images médicales afin de les aider dans leur diagnostic. Avec l'avancée des techniques d'acquisition, les radiologues se retrouvent à analyser des images de plus en plus complexes et dans des quantités de plus en plus importantes. Du côté de la recherche, cela se traduit par une collaboration entre physique médicale, radiologie et imagerie médicale. Les physiciens ont pour objectif d'améliorer la qualité et la résolution des images médicales. Ces améliorations permettent d'aider les radiologues dans leur diagnostic et à la communauté de l'imagerie médicale de pouvoir extraire des informations plus précises. Cette collaboration permet non seulement d'avancer dans les sciences médicales (ex. étude de l'anatomie et physiologie), mais également dans les applications cliniques (ex. détection de maladies et planification de thérapie).

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